עם פרוץ מבצע "עם כלביא" והכרזת מצב חירום בעורף, אג'יק – מכון הנגב החל לפעול במתכונת חירום במטרה לספק מענה מותאם ונגיש לאוכלוסייה הערבית בארץ, ובדגש על החברה הבדואית בנגב, והכפרים הבלתי מוכרים. החברה הערבית בישראל סובלת מפערי מיגון קשים, בייחוד החברה הבדואית בנגב, שם לרוב התושבים אין גישה למרחבים מוגנים או אפילו מערכות התרעה. לצד זאת קיימים פערים חמורים בהסברה ובמוכנות הציבורית – מידע חיוני לא תמיד זמין, והתשתיות הלקויות מקשות על התמודדות עם מצב החירום. סגירת מוסדות חינוך בשל מצב ביטחוני הלימודים מחריפה את הפערים החינוכיים, והמשבר הכלכלי מוביל לאבטלה גוברת, סיכון לביטחון תזונתי ועליה בפשיעה.
אג'יק הקים את חדר חירום דרום, בשיתוף המועצה לכפרים הבלתי מוכרים, שתי"ל דרום, רשויות מקומיות, משרדי ממשלה, פיקוד העורף, ארגוני רפואה וארגוני חברה אזרחית נוספים. חדר החירום נועד לתת מענה לצרכי עשרות אלפי תושבים ב-35 כפרים לא מוכרים בנגב.
מטרת חדר המצב היתה לתכלל את פעילות השטח והתמקדה ב:
לצד פעילות חדר החירום בדרום, אג'יק המשיך להפעיל מענים נוספים ישירות דרך צוות העובדים ומשתתפי התכניות ברחבי הארץ:
במהלך תקופת החירום, צעירים ובני נוער במסגרות תכניות "שנת מעבר" של אג'יק וארגון הנוער שביבת אג'יק השתלבו בהתנדבות מגוונת ומשמעותית למען הקהילה, בתוך מערכי החירום ברשויות המקומיות בהן הם מתגוררים. מסיוע בחדרי המצב העירוניים, דרך קבוצות מד"חים שהוכשרו על ידי משרד החינוך ופיקוד העורף, ועד הובלת יוזמות לחיזוק החוסן הקהילתי, עזרה ראשונה נפשית ופיזית, וליווי תושבים במצבי חירום. צוותי ומתנדבי אג'יק סייעו למשפחות מפונות, ביצעומיפוי צרכים בשיתוף הרשויות, וסייעו בהפצת ידע וכלים להתמודדות עם מצבי לחץ – לעצמם ולסביבתם. הפעילות משלבת תמיכה רגשית, הדרכות, חיזוק קהילתי ושמירה על רצף חינוכי ומעורבות חברתית, תוך שימת דגש על ערבות הדדית, יוזמה ואחריות.
במהלך תקופת החירום פעל מטה אג'יק להובלת מאמצי הסברה, תיאום והנגשת מידע לציבור, תוך שיתוף פעולה עם הרשויות וארגונים שונים. צוותי המטה עסקו בגיוס משאבים בחירום לטובת הפעלת מענים, חיזוק הקשר עם הרשויות המקומיות, חיבור מתנדבים לנקודות פעילות בשטח, והובלת קמפיינים להעלאת מודעות לפערי המיגון ולמצוקות החברה הערבית. מיזם "חירום בערבית" הציע מידע מהימן ונגיש בערבית ישירות לתושבים – כולל הנחיות, מענים וסרטוני הסברה, דרך ערוצי וואטסאפ וטלגרם. בנוסף, פעל המטה לקידום מדיניות מול מקבלי ההחלטות בתחומי מיגון, מניעת הסתה ומוכנות לחירום.