1998
מכון הנגב לאסטרטגיות של שלום ופיתוח מוקם בתוך מכללת ספיר כמכון להכשרה בינלאומית.
מייסד: ד"ר יהודה פז ז"ל.
2000
מכון הנגב נרשם כעמותה עצמאית ומעתיק את משכנו לבאר-שבע, שם הוא משמש מרכז הכשרה לפיתוח קואופרטיבים, עסקים קטנים ופתרון קונפליקטים. מאות אנשים ממדינות מתפתחות ומאזור המזרח התיכון עוברים תוכניות הכשרה במכון מדי שנה, תחת ניהולה של ויוויאן סילבר.
2002
אג'יק – המרכז הערבי-יהודי לשוויון, העצמה ושיתוף הוקם על-ידי אמל אלסאנע-אלחג'וג' במכון הנגב. אג'יק (בערבית: אני בא לקראתך) פועל לפיתוח חברתי-כלכלי בקרב החברה הערבית הבדואית בנגב וליצירת שותפות בין החברה היהודית לבין החברה הערבית בנגב.
2003
אוהל המתנדבים מוקם בעיר העתיקה בבאר-שבע כמרכז להכשרת מתנדבים והפעלת תוכניות לחינוך לא-פורמלי בנגב.
2004
המחלקה לגיל הרך מוקמת, ובמרכזה תוכנית "הורים שותפים בקהילה", שמטרתה קידום תעסוקה לנשים והקמת מסגרות חינוכיות לילדים מרגע לידתם ועד גיל שלוש.
2005
המחלקה לפיתוח כלכלי מוקמת לאחר תהליך מיפוי נרחב. תוכניות פורצות דרך לפיתוח כלכלי בקרב נשים וגברים יוצאות לדרך.
2008
הקמת מרכז משאבים והדרכה לגיל הרך, הפועל לצד המחלקה לגיל הרך.
2010
המחלקה לקידום בריאות בקהילה מוקמת, תוך התמקדות בבריאותן של נשים הרות וילדים צעירים מהחברה הבדואית.
2014
אג'יק מכון הנגב מוכר כמכון הכשרה רשמי של ברית הקואופרציה הבינלאומי (ICA).
2015
משרד החינוך מכיר באוהל המתנדבים של אג'יק כארגון נוער רשמי.
2016
אוהל המתנדבים של אג'יק – מכון הנגב זוכה לאות נשיא המדינה לארגון מתנדבים על קידום המעורבות והשותפות החברתית-אזרחית בין החברה הבדואית לחברה היהודית.